Początki Instytutu Biotechnologii Molekularnej i Przemysłowej (dawniej: Instytutu Biochemii Technicznej) Politechniki Łódzkiej przypadają na rok 1963, kiedy to na ówczesnym Wydziale Chemii Spożywczej utworzono pracownię biochemii , a następnie w 1966 na mocy decyzji Ministerstwa Edukacji Narodowej powołano samodzielną Katedrę Biochemii Technicznej. Utworzona Katedra była pierwszą tego typu jednostką w kraju utworzoną w uczelniach technicznych. Jej założycielem i pierwszym kierownikiem był dr hab. inż. Edward Galas. Prowadzone w Katedrze badania z zakresu biochemii i enzymologii dały początek praktycznemu wykorzystaniu mikroorganizmów i enzymów w przemyśle, rolnictwie czy medycynie, co zapoczątkowało rozwój biotechnologii w Polsce.
W 1970 roku, w ramach zmiany struktury organizacyjnej Wydziału wyłoniono cztery instytuty, wśród nich Instytut Biochemii Technicznej, który powstał w wyniku połączenia dwóch katedr: biochemii technicznej oraz technologii odżywek i koncentratów. Pierwszym dyrektorem Instytutu, w latach 1970-1998, był prof. dr hab. inż. Edward Galas, a od 1998 dyrektorem jest prof. dr hab. inż. Stanisław Bielecki.
Lata 1970-1980 to okres intensywnego rozwoju Instytutu, możliwy dzięki wielu inicjatywom jego dyrekcji i pracowników, takim jak: przystąpienie IBT do programu rozwojowego ONZ (UNDP), dzięki czemu sfinansowano zakup nowoczesnej aparatury biotechnologicznej (1974); utworzenie zespołu technologii produktów owocowo-warzywnych (1978), kierowanego w latach 1978-2001 przez prof. dr hab. inż. Jadwigę Wilską-Jeszka, wdrożenie pierwszej w Polsce technologii przemysłowej produkcji preparatu bakteryjnej alfa-amylazy (1980), a także organizacja pierwszego w kraju Sympozjum Biotechnologii (1978) oraz udział prof. Galasa w utworzeniu Europejskiej Federacji Biotechnologii (1978).
W latach 80- i 90-tych zakres badań realizowanych w Instytucie Biochemii Technicznej sukcesywnie się rozszerzał, a towarzyszyło temu zorganizowanie nowych pracowni i laboratoriów: Rentgenowskiej Analizy Strukturalnej (1989), Biotechnologii Molekularnej (2002) oraz Hodowli komórkowych (2005). Zmodernizowano również halę technologiczną (2006). Przeprowadzona w latach 2012-2014 modernizacja Instytutu przyczyniła się do pełniejszego wykorzystania zaplecza aparaturowego i umożliwia prowadzenie na wysokim poziomie badań z zakresu biotechnologii przemysłowej, biotechnologii molekularnej, inżynierii biomateriałów (głównie bionanocelulozy) proteomiki/biologii strukturalnej, biochemii żywności i nutrigenomiki.
Biorąc pod uwagę profil aktualnych i przyszłych badań naukowych realizowanych w Instytucie z dniem 1 października 2019 roku zmienił on nazwę na Instytut Biotechnologii Molekularnej i Przemysłowej.